Dal confronto con la scala pitagorica emerge subito che i rapporti di frequenza che esprimono gli intervalli di terza e di quarta sono generalmente percepiti come "più consonanti". Essi, dal punto di vista del calcolo, corrispondono a rapporti molto più "semplici".

Questa maggiore consonanza è particolarmente evidente quando, su di uno strumento ricco di armonici superiori, si esegue un bicordo (es. Do-Mi) o un accordo (Do-Mi-Sol) si riscontra una coincidenza di molte delle armoniche superiori che, essendo esattamente sovrapposte in frequenza, non danno luogo al fastidioso fenomeno dei battimenti.

Resta tuttavia il fatto che alcune quinte tra gradi della stessa scala sono "stonate": la quinta Re-La ha un rapporto di frequenze pari a 40:27 che differisce dal rapporto naturale 3:2 di 21,5 cent.

Infine (vedi tabella) la scala diatonica naturale contiene solo tre intervalli elementari tra i suoi gradi: il tono maggiore (es. Do-Re), il tono minore (es. Re-Mi), e il semitono diatonico (es. Mi-Fa). Da questo punto di vista la scala pitagorica è ancora più semplice, perché si basa su due soli intervalli base.